Экипажи обстановочных судов контролируют состояние судоходных путей — проверяют глубины, целостность навигационных знаков, проводят ночные объезды освещаемых участков. В случае обнаружения подводных препятствий к работе подключаются дноочистительные снаряды и водолазы.
Отмечается, что экологическую функцию выполняет специализированное судно «Онежец ББК», построенное в 2015 году. Оно принимает сухие отходы и сточные воды от транзитных судов. Основной пункт приема расположен в районе Повенца, а утилизация проводится в Петрозаводске. По маршруту теплоход также обслуживает музей-заповедник «Кижи». За сезон «Онежец ББК» принимает отходы более чем со 100 судов.
В администрации подчеркивают, что ответственная работа экипажей гарантирует круглосуточный и безопасный проход по Беломорско-Балтийскому каналу.
