Отмечается, что работы по восстановлению храма проводились поэтапно. Уже 9 мая 1995 года, в день 50-летия Победы в Великой Отечественной войне, в соборе впервые за многие годы была совершена литургия. В 1996 году на куполах храма установили кресты, а в 1999 году появились колокола. Год спустя в отреставрированном здании был смонтирован иконостас. К 30 апреля 2000 года в храме состоялась праздничная пасхальная литургия, а общестроительные работы завершились к 20 мая того же года.
Само великое освящение Александро-Невского собора возглавил Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II в сослужении архиепископа Петрозаводского и Карельского Мануила (Павлова), епископа Тихвинского Константина (Горянова) и других архиереев. Примечательно, что ректором Санкт-Петербургской духовной академии и семинарии на тот момент был нынешний митрополит Петрозаводский и Карельский.
В группе подчеркнули, что это было второе освящение храма в его истории; первое состоялось после завершения строительства церкви в 1832 году. Во время своего визита в Карелию Патриарх Алексий II наградил проектировщиков, строителей, членов Попечительского совета и благотворителей, активно участвовавших в восстановлении соборной церкви. В дар собору Патриарх преподнес Владимирскую икону Божией Матери, один из дней празднования которой приходится также на 3 июня.
